Intereses de Investigación

El control de la vida o muerte de una célula es fundamental para el desarrollo de los organismos vivos. Para entender este equilibrio vital es necesario contar con herramientas que permitan identificar los mecanismos moleculares participantes. Una de las herramientas básicas para descubrir estos mecanismos han sido los antibióticos, moléculas capaces de inducir muerte celular. Al mismo tiempo, el uso de los antibióticos ha mejorado la salud de los seres vivos (tratamiento de infecciones, cáncer) y con ello se ha promovido el desarrollo de empresas de base biotecnológica. Es decir, el desarrollo de nuevos antibióticos ha contribuido a mejorar nuestro entendimiento sobre los seres vivos, así como en el desarrollo tecnológico, económico y social de los países que han invertido en esta área del conocimiento.

En nuestro grupo nos interesa contribuir en el desarrollo de nuevos antibióticos en México. Para ello, es necesario estudiar la relación estructura-función tanto de las moléculas con actividad antibiótica como la de sus dianas. Es por ello que en nuestro grupo estudiamos la relación estructura-función de péptidos antibióticos y proteínas, en particular la de aquellos péptidos o proteínas que sean multifuncionales. Para ello usamos enfoques computacionales basados en el aprendizaje automático (machine learning) y nuestros modelos experimentales incluyen a la levadura Saccharomyces cerevisiae y otros tipos celulares.

A partir de nuestros estudios de investigación básica hemos generado publicaciones científicas originales de las cuales se ha derivado conocimiento útil para el desarrollo de nuevos péptidos antimicrobianos (patente ante el IMPI) y tecnologías de cómputo útil para la clasificación de textos en redes sociales (registro ante INDAUTOR).

Trayectoria profesional

Investigador Titular C

Instituto de Fisiología Celular (desde 2004)

Universidad Nacional Autónoma de México

Posdoctorados y estancias

Edda Klipp (2009-2010)

Humboldt University, Berlin, Alemania

Dale E. Bredesen (1999-2004)

Buck Institute, Novato California, EUA

Dale E. Bredesen (1997-1999)

Burnham Institute, San Diego California, EUA

Formación académica

Doctorado en Biotecnología (1992-1997)

Instituto de Biotecnología, UNAM , Mexico

Maestría en Biotecnología (1990-1994)

Instituto de Biotecnología, UNAM, México

Ingeniero Biotecnológo (1984-1990)

Instituto Tecnológico de Sonora, México

Premios y distinciones

• PROFOPI-UNAM (2022)

Líneas de Investigación

Estudio de la relación estructura-función en sistemas biológicos mediante el analisis de redes : Los datos moleculares biológicos estan compuestos principalmente de relaciones (e.g., relaciones entre amino ácidos que interactuan en la estructura de las proteínas, datos de expresión de genes, interacciones proteína-proteína, interacciones metabólicas), por lo que éstas pueden ser representadas como redes. En este sentido, las redes son modelos de un proceso molecular y requieren ser evaluadas en su habilidad para reproducir las características de tales procesos. Por ello, en nuestro grupo desarrollamos conceptos y herramientas útiles para evaluar la relación estructura/función de los sistemas biologicos a partir de conceptos básicos y métodos de aprendizaje automatizado (machine learning). Nuestro trabajo se centra en la clasificación y predicción de la estructura tridimensional de las proteinas asi como el modelado de procesos celulares (e.g., metabolismo, ciclo celular) relevantes para la muerte celular en levadura.

Diseño asistido por computadora de péptidos multifuncionales : Los péptidos y proteínas pueden ser representados de diversas formas (e.g., estructura primaria, estructura terciaria) y para cada representación se pueden generar múltiples descriptores (e.g., composición de amino ácidos, energía de asociación). A partir de estas representaciones es posible entrenar máquinas para que distingan los descriptores de estas representaciones que pueden caracterizar una actividad en estos péptidos o proteínas. En esta línea de investigación buscamos generar predictores de secuencias peptídicas con actividad antimicrobiana, péptidos penetradores, actividades compatibles a estas y predecir interacciones péptido-proteínas.

Ligas de Interés

• Servidor Web del grupo
• Lista de publicaciones del grupo en PubMed
• Tutor del posgrado en ciencias bioquímicas, UNAM
• Tutor del posgrado en ciencias biomédicas, UNAM
• Lista de publicaciones y citas en Google Académico
• Perfil en ResearchGate

Integrantes del laboratorio

• Maria Teresa Lara Ortiz (Técnico Académico)

Estudiantes

• Sofía Natalí Mendoza Cabrera (Estancia de investigación)
• Josiff Samuel Flores Reyes (Maestría)
• Néstor Ricardo Morales Castelán (Maestría)
• Albros Hermes Poot Vélez (Maestría)
• Carol Molina Martínez (Maestría)
• Vladimir Juarez (Estancia de investigación)
• Martín Pérez Botho (Maestría)
• Luis Adrián Santamaría García (Maestría)
• Mario Alberto Trejo Pérez (Doctorado)
• Luis Alberto Morales Moreno (Estancia de investigación)
• Christopher Navarro Martínez (Maestría)
• Gabriel Marcelino Pérez (Posdoctorado)